长江技术经济学会秘书处（简称学会秘书处）负责学会日常的行政和财务工作，代表学会办理社团事务。负责组织和筹备理事会、常务理事会、理事长和秘书长工作会议，协助各分支机构召开专题会议和开展业务活动。负责贯彻落实学会理事会、常务理事会通过的各项决议，完成理事长、副理事长、秘书长交办的工作任务。学会秘书处依托单位为长江水利委员会长江科学院。学会秘书处的业务工作和人事、财务、党务等工作由长江水利委员会长江科学院管理，长江水利委员会机关职能部门加强指导和监督。
学会秘书处目前内设综合事务部、学术交流部和战略规划发展部。
